2009年上海地铁第三运营有限公司成立，同年7号线试运营。

2010年7号线北延伸贯通，公司于当年全面参与世博会安全运营保障工作。

2011年公司召开一届一次党代会，并于当年首次获得上海市文明单位称号。

2021年15号线贯通并运营。