近年来，上海地铁第二运营有限公司荣获多个荣誉奖项及资资质认证，具体如下：

荣誉奖项：运营二公司荣获年度全国交通运输行业文明单位等34项省部级荣誉，上海市“进博先锋行动”先进基层党组织等118项市级专项荣誉，上海市质量协会质量技术一等奖等多项其他荣誉。

资质认证：运营二公司获得安全生产标准化一级达标企业认证，“上海品牌”认证企业，“质量管理、环境管理、职业健康安全管理”三体系认证企业，上海市守合同重信用认证企业等。